Après avoir étudié le piano au CNR de Marseille, Stéphane Rigat entre en 1988 dans la classe d’orgue d’Annik Chevalier-Naddéo. Il y obtient en 1993 une médaille d’or à l’unanimité ainsi qu’un prix du département.
Il effectue ensuite un cycle d’orientation professionnelle et de perfectionnement au CNR de Paris dans la classe de Marie-Louise Jacquet-Langlais où il obtient un premier prix de perfectionnement en 1996.
Il se perfectionne en musique ancienne auprès d’André Rossi au CNR de Marseille, participe à des stages et des concours internationaux (sélectionné au Grand Prix international de Chartres en 1998 et en 2004).
Il est organiste de l’orgue de Saint-Victor et de l’orgue Cavaillé-Coll de l’église Saint-Joseph, à Marseille.